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组织结构
理事会章程
理事会章程:
（一） 理事会由主管单位、政府相关部门、共建单位组成，其中理事长1人（由研究院院长兼任），副理事长若干人（由科技厅、合肥市和研究院负责人出任）。
（二） 理事会主要职责：
1、 制定或修改工程院章程；
2、 确定工程院发展方向，审定中长期发展规划；
3、 筹划工程院发展资金；
4、 审议工程院年度工作计划、财务预算和决算；
5、 负责建立工程院与地方各部门的合作关系，为工程院长期稳定发展创造条件；
6、 确定工程院注册资产，决定工程院注册资产的变更事宜；
7、 聘任或解聘工程院院长、理事会秘书，并根据工程院院长的提名任命或解聘工程院副院长和总经济师等；
8、 审定院长绩效考核奖励办法，并对院长进行年度考评；
9、 法律法规或工程院章程授予的其它职权。
（三） 理事会制定理事会议事规则,以确保理事会的工作效率和科学决策。
（四） 理事长和副理事长需经全体理事的过半数选举生效。
（五） 理事长行使下列职权：
1、 主持召开理事会会议；
2、 签署理事会重要文件；
3、 理事会授予的其他职权。
（六） 理事长不能履行职权时，理事长应指定副理事长或一名理事代行其职权。
（七） 理事会每年至少召开2次，由理事长召集，于会议召开10个工作日前通知全体理事。
（八） 有下列情形之一的,理事长应在十个工作日内召集临时理事会会议:
1、 理事长认为必要时;
2、 遇紧急重大事项，半数以上理事联名提议时；
3、 院长提议时。
（九） 理事会召开临时理事会会议的通知方式为书面通知，通知时限不低于会议召开前一个工作日。
（十） 理事会会议通知包括以下内容：
1、 会议日期和地点；
2、 会议期限；
3、 会议议题；
4、 发出通知时间；
5、 理事参加会议回执。
（十一） 理事会会议应当由二分之一以上的理事出席方可举行。理事会决议表决方式为记名方式投票表决，每名理事有一票表决权。理事会作出的决议,必须经全体理事过半数通过。
（十二） 理事会会议应当由理事本人出席,理事因故不能出席的,可以书面委托其他理事代为出席。委托书应当载明代理人的姓名、代理事项、权限和有效期限,并由委托人签名或盖章。代为出席会议的理事应当在授权范围内行使理事的权利。理事未出席理事会会议,亦未委托代表出席的,视为放弃在该次会议上的投票权。
（十三） 理事会应当有记录，出席会议的理事和记录人应在记录上签字，出席会议的理事有权要求在记录上对其在会议上的发言作出说明性记载。理事会会议记录作为工程院档案由工程院综合办负责保存。
（十四） 理事会会议记录包括以下内容：
1、 会议召开时间、地点和会议召集人姓名；
2、 出席理事的姓名及受他人委托出席理事会的理事（代理人）姓名；
3、 会议议程；
4、 理事发言要点；
5、 理事会形成的决议等。
（十五） 理事会秘书
1、 理事会设理事会秘书，理事会秘书应对理事会负责；
2、 理事会秘书的主要职责是：筹备理事会会议，负责会议的记录和文件、记录的保管、并保证有权得到工程院有关记录和文件的人及时得到有关文件和记录;
3、 理事会秘书由理事长提名并经理事会表决聘任或解聘。
理事单位：
合肥物质科学研究院、省科技厅、省发改委、省财政厅、省编办、合肥市政府、市科技局、市创新办、及研究院的循环经济工程院、等离子体所、安徽光机所、固体物理所等均为理事单位。